I přes zdánlivě vysoký počet chráněných území nelze jejich síť v České republice považovat za kompletní. Stále existují velmi cenná místa, která doposud nepožívají zvláštní ochrany, ačkoliv je velmi potřebná – ať už z hlediska národních hodnot/legislativy, nebo podle mezinárodních závazků. AOPK ČR se proto nezabývá pouze péčí o stávající zvláště chráněná území, ale soustavně se věnuje také přípravě nových zvláště chráněných území. Příprava a jejich vyhlašování, zejména chráněných krajinných oblastí, představuje složitý proces, vyžadující mnohdy i víceleté nasazení mnoha odborníků z řady institucí.

Velkoplošná zvláště chráněná území připravovaná k vyhlášení

V koncepčních materiálech ochrany přírody a krajiny jsou zmiňována další území vhodná pro vyhlášení CHKO - Doupovské hory, Soutok, Krušné hory, Středomoravské Karpaty (Chřiby a Ždánický les). V případě Doupovských hor byly již podklady pro vyhlašování CHKO zpracovávány v roce 2009, ale vzhledem ke specifické situaci (většina území je součástí vojenského újezdu) nebylo území vyhlášeno. I v případě jihomoravského Soutoku AOPK ČR připravovala podklady pro vyhlášení tohoto území jako CHKO a dlouhodobě považuje tuto formu ochrany tohoto území za nejvhodnější.

Více o Soutoku najdete na samostatných webových stránkách.
​​​​​​​Soutok Moravy a Dyje

Aktuálně se také připravuje vyhlášení národního parku Křivoklátsko.
NP Křivoklátsko

Pro ostatní území se konkrétní podklady dosud nepřipravovaly.

Maloplošná zvláště chráněná území národních kategorií připravovaná k vyhlášení

Ministerstvo životního prostředí připravuje vyhlášení několik národních přírodních rezervací a národních přírodních památek. Vyhlašovací dokumentaci a odborné návrhy těchto lokalit zpracovala AOPK ČR. V současnosti probíhá vyhlašovací proces u 6 lokalit, která dosud nebyla pokryta zvláštní územní ochranou (nebo jen z malé části):

Navržená kategorie a název MZCHÚ Stručný popis MZCHÚ
NPP Bzenecká střelnice Významná psamofilní společenstva na otevřených píscích na severním okraji Panonské nížiny: otevřené trávníky vátých písků s paličkovcem šedavým a jednoletá vegetace narušovaných štěrkovitých a písčitých půd s teplomilnými druhy rostlin a živočichů, zejména unikátním společenstvem psamofilních bezobratlých.
NPR Lanžhotské pralesy Území je navrženo vyhlásit v 8 oddělených segmentech, které představují nejzachovalejší porosty lužního lesa. Jde jednak o nejlépe dochované porosty s přirozenou dřevinnou skladbou, vysoce prostorově i věkově strukturované (jde především o Pajdavé kúty a Dlúhý hrúd u Dyje, které svým charakterem do značné míry odpovídají stávajícím NPR Ranšpurk a NPR Cahnov-Soutok, vyhlášeným již v roce 1949) a jednak o obnovně dosud z větší části nerozpracované rozsáhlejší komplexy zachovalých porostů. K rozšíření o hodnotné přilehlé porosty jsou navrženy i obě stávající NPR (Ranšpurk a Cahnov-Soutok). V území je navržen klidový režim.

NPR Obírka - Peklo

Cílem záměru na vyhlášení je skloubit ochranu mimořádně biologicky hodnotných přirozených lesních ekosystémů postupným navozením bezzásahového režimu (na cca 80 % rozlohy NPR) s aktivní ochranou vzácných a ohrožených druhů organizmů (reprezentovaných např. jasoněm dymnivkovým jako tzv. “deštníkovým druhem”) vázaných životními nároky na listnaté lesy se sníženým zápojem dřevin a stálou nabídkou světlin (na cca 20 % rozlohy NPR). Mezi hlavní důvody záměru na vyhlášení této rezervace patří nepřetržitá existence části lesních ekosystémů od doby jejich vzniku ve stavu poskytujícím podmínky pro výskyt životaschopných populací organizmů vázaných životními nároky na přirozené lesy s přítomností silného tlejícího dřeva a vysoká přirozená biologická rozmanitost na ekosystémové, druhové i genetické úrovni.
NPP Soutok Ochrana území je navržena jak s ohledem na výskyt vzácných a zvláště chráněných druhů a jejich biotopů, tak s ohledem na pestrost samotných stanovišť a přirozenou dynamiku říční nivy včetně záplav. Druhy se zde vyskytují v početných populacích nebo zde mají jádro svého výskytu v rámci celé EVL (případně ČR) a jejich zdejší populace mají vysoký celoevropský význam. Stanoviště se zde vyskytují na velkých či reprezentativních výměrách (lesní biotopy, luční a vodní biotopy). Odděleným segmentem NPP je lokalita Společných jezer s klidovým režimem se zachovalým výskytem panonského tvrdého luhu a měkkého luhu včetně vzácných druhů na tyto biotopy vázaných. Oproti NPR Lanžhotské pralesy se napříč NPP Soutok počítá s aktivními a cílenými zásahy pro podporu předmětů ochrany.
NPR Trkmanské louky Subhalofilní rostlinná společenstva s populacemi některých zvláště chráněných a ohrožených druhů rostlin a živočichů včetně populace kriticky ohroženého pcháče žlutoostenného.
NPP Zlatý potok Jedna z několika málo zbývajících perspektivních lokalit perlorodky říční ve střední Evropě. Pramenná oblast s mokřinami a prameništní vegetací s rozsáhlou sítí mělkých pramenných stružek, dílčích přítoků a hlavního toku Zlatého potoka s přírodními živočišnými a rostlinnými společenstvy oligotrofních povodí, která podmiňují fungování biotopu a další existenci populace perlorodky říční.

​​​​​​​V současné době nejsou žádná území přehlašována z důvodu zvětšení rozlohy, úpravy bližších ochranných podmínek nebo změny kategorie.