Největší přírodní klenoty Orlických hor jsou vyhlášeny jako maloplošná zvláště chráněná území. Na území CHKO Orlické hory jich je celkem 21 a některé z nich byly vyhlášeny ještě před vznikem chráněné krajinné oblasti. Je to např. přírodní rezervace Černý důl, kde jádro území tvoří prales ponechaný samovolnému vývoji, anebo národní přírodní rezervace Bukačka, které se díky rozmanitosti horských luk přezdívá botanická zahrada Orlických hor.
