Natura 2000 je soustava chráněných území, která jsou významná z evropského hlediska. Cílem je ochrana biologické rozmanitosti zachováním nejhodnotnějších přírodních lokalit na území Evropské unie prostřednictvím vzájemného sladění zájmů ochrany přírody a způsobu jejich obhospodařování.

Evropsky významné lokality (EVL) na území CHKO Český ráj:

Údolí Plakánek

Zahrnuje kaňonovité údolí se zalesněnými svahy a mokřadními loukami a fragmenty lužních lesů v nivě říčky Klenice a Veseckého potoka. Území je z evropského pohledu významné zejména z důvodu ochrany kapradiny, která se nazývá vláskatec tajemný. Tento druh je vázán na stinná místa drobných jeskyněk a zářezů v pískovcových masivech se stabilním mikroklimatem. Další lokalitou s výskytem vláskatce tajemného je např. část toku Kněžmostky v úzkém údolí mezi Novou Vsí a Drhleny.

(podrobnější informace na natura2000.cz)

Podtrosecká údolí

Představují soustavu kaňonovitých údolí s fragmenty lužních lesů a komplexem mokřadních luk v nivách říček Žehrovky a Jordánky. Do této EVL je zahrnuto i Hruboskalsko a Zelený důl, jako území významná pro ochranu tří rostlinných druhů: kapradiny vláskatce tajemného, mechu srpnatky fermežové, orchideje hlízovce Loeselova, a pro ochranu pěti druhů živočichů: motýla modráska bahenního, drobné rybky sekavce písečného a netopýrů vrápence malého, netopýra brvitého a netopýra černého.

(podrobnější informace na natura2000.cz)

Příhrazské skály

Představují pískovcové skalní město s charakteristickými stinnými roklemi, skalními masivy a věžemi, s nejzachovalejšími lesními komplexy, zejména bučinami. Předmětem evropské ochrany je kapradina vláskatec tajemný a tři druhy netopýrů: vrápenec malý, netopýr brvitý a netopýr černý.

(podrobnější informace na natura2000.cz)

Jeskyně Sklepy pod Troskami, Kost, Podhájí – chalupa

Jedná se o tři drobnější lokality (jeskyně/hrad/vesnické stavení), jejichž cílem je ochrana netopýra velkého, netopýra brvitého a vrápence malého.

(podrobnější informace na natura2000.cz: Jeskyně Sklepy pod Troskami, Kost, Podhájí – chalupa)

Průlom Jizery u Rakous

Jedná se o území mezi Turnovem a Malou Skálou, které zahrnuje komplex údolní nivy Jizery, s jejím mohutným meandrem u Rakous, svahových bučin a suťových lesů, pískovcových skalních bludišť a teplomilných trávníků na slunných svazích. Kromě tří stávajících přírodních rezervací: Klokočské skály, Na Hranicích a Bučiny u Rakous, je do této evropsky významné lokality zahrnuto údolí přírodní památky Podloučky a Besedické skály. Celý tento komplex je významný zejména výskytem řady druhů orchidejí i dalších chráněných a ohrožených druhů, např. hořce křížatého, hořečku brvitého, lilie zlatohlavé nebo měsíčnice vytrvalé.

(podrobnější informace na natura2000.cz)

Natura 2000 v CHKO Český ráj