Nelesní společenstva najdeme zejména na jižních, slunných a teplých svazích, které z okolních lesů vystupují jako ostrůvky. Les neroste ani na všech skalách a skalních stráních či v propastech.

Teplomilné ostrůvky skal a jižních svahů

Nejjižnější části Moravského krasu jsou typické výskytem teplomilných druhů, které sem pronikají z panonské oblasti a severněji se v krasu objevují jen zřídka. V ostrůvkovitě vyvinutých teplomilných šípákových doubravách, které zde mají severní hranici svého rozšíření, se mezi jinými dřevinami vyskytují i dub cer, dub šípák, řešetlák počistivý a klokoč zpeřený. 

Na suchých trávnících a skalních stepích vzácně nalezneme zvláště chráněné druhy pryšec vrbolistý, koniklec velkokvětý, kosatec nízký, kosatec pestrý, kosatec trávolistý, chrpu chlumní, hvězdnici chlumní, hvězdnici zlatovlásek a třemdavu bílou. Roste zde i kriticky ohrožený a evropsky významný hadinec nachový. Ve světlých lesích a jejich lemech je hojná kamejka modronachová. Ze zvláště chráněných hub najdeme vřeckovýtrusou káčovku ploskou rostoucí pouze na dřevě řešetláku počistivého nebo v zemi rostoucí lanýž letní.

Ostrůvky teplomilných společenstev však nalezneme i v nejsevernějších částech Moravského krasu na osluněných škrapových stráních a skalních hranách žlebů s jižní expozicí. Z rostlin jsou zde typické například kostřava sivá, k. walliská, bělozářka větvitá, pryšec mnohobarvý, ohrožená sasanka lesní, z keřů tu roste ohrožený dřín jarní, jeřáb muk, dřišťál obecný, skalník celokrajný aj. Oproti nim kontrastují stinné a chladnější biotopy skalních hran žlebů s expozicí severní. Zde najdeme z trav hojnou pěchavu vápnomilnou, nebo silně ohrožený lomikámen vždyživý. Zajímavostí severních expozic je vzácný vápnomilný lišejník terčoplodek vakovitý se zelenou stélkou a hnědými plodničkami, jenž roste i v Macoše.

Život v propasti

Propast Macocha patří nejen k nejvýznačnějším krasovým jevům, ale je i lokalitou unikátních rostlinných společenstev. Na osypovém kuželu dominuje omamně vonící měsíčnice vytrvalá. Stinné vlhké skalní stěny pokrývají husté polštáře četných mechorostů – sourubka kadeřavá, stromkovec ocáskovitý, baňatka potoční, měřík čeřitý aj. V tlejících kmenech na suťovém kuželu v propasti se skrývá vzácný a pouze za tvorby tobolek pozorovatelný evropsky významný druh mechu s názvem šikoušek zelený, jenž se vyskytuje i v okolních žlebech. Obdobný výskyt má i další vzácný mech podnožitka bavorská. 

Roste zde také jedna z nejzajímavějších a nejvzácnějších rostlin Moravského krasu – kruhatka Matthioliho moravská. Byla zde objevena v roce 1918 při výzkumné výpravě na dno propasti. Právě dno propasti Macocha a přilehlé skály jsou jediným místem jejího výskytu v České republice. Je považována za glaciální relikt (pozůstatek doby ledové). Botanik Soják v roce 1980 považoval rostliny z propasti Macocha za endemický poddruh Cortusa matthioli subsp. moravica a i dnešní taxonomové s tím souhlasí. V současné době zde roste cca 60 rostlin, což je zhruba o polovinu méně než v 90. letech 20. stol. Přisuzujeme to extrémně suchým rokům, které zde poslední dobou panovaly.

Mokřady

Velmi vzácně se v některých podmáčených částech krasových potočních niv tvoří mokřady. Zde na přechodu k lučním formacím převládají biotopy jako vlhké pcháčové louky s pcháčem potočním, ohroženým upolínem nejvyšším, ostřicí trsnatou a o. štíhlou nebo vlhká tužebníková lada s dominujícím tužebníkem jilmovým a skřípinou lesní. Mezi mokřady jsou však v širším pojetí zahrnuty i vodní toky. A tedy i Punkva je mokřadní lokalitou, která byla v roce 2004 zapsána do seznamu ohrožených mokřadů v rámci Ramsarské úmluvy. Podzemní Punkva se tak stala mokřadem mezinárodního významu.

Nepůvodní a invazní druhy rostlin

Mezi nejzávažnější patří trnovník akát, netýkavka žlaznatá, křídlatka japonská, bolševník velkolepý (ten je naštěstí již téměř vyhuben), celík kanadský a obrovský, americké druhy hvězdnic. Jejich výskyty však nejsou rozsáhlé. Zejména proti akátu, netýkavce, křídlatce a bolševníku jsou vedeny každoroční likvidační práce, které počty rostlin výrazně eliminují. Invazní rostliny se totiž šíří na úkor našich původních druhů, které ze svého přirozeného prostředí vytlačují. Mohou tak za určitou dobu převládnout na určitých biotopech, kde dojde k výraznému ochuzení druhové skladby. Pozitivní je, že se tyto rostliny nevyskytují masově, ale jen bodově či liniově (podél toků a cest). Uvítáme každou pomoc s likvidací těchto druhů, nebo hlášením jejich výskytu. 

Jedním z důsledků zpřístupnění jeskyní je rozvoj vegetace kolem reflektorů – tzv. „Lampenflory“. Jedná se zejména o řasy a mechorosty (vzácněji o kapradiny), jejichž výtrusy se dostaly do jeskynních prostor a díky umělému osvětlení začaly klíčit a vytvářet na stěnách a krápnících drobné povlaky a porosty. Správa jeskyní Moravského krasu však chrání krápníkovou výzdobu pravidelnou eliminací této vegetace.