I. zóna - nejcennější území, přirozené nebo málo poškozené ekosystémy, obzvláště cenná území. Do I. zóny CHKO Brdy patří především bezlesé plochy bývalých dopadových ploch Tok a Jordán a dopadové plochy Brda, bezprostřední okolí Padrťských rybníků, skalní útvary a kamenná moře na vrchu Koníček, na Hřebenci a na Třemšíně. Zachovalé lesní porosty maloplošných chráněných území jižních Brd a niva Kotelského potoka a vlhké louky V Ouličkách. 
Ochrana: Velmi extenzivní využití, omezený vstup, omezení cest 

 Vřesoviště na bývalé dopadové ploše Tok. Foto: Bohumil Fišer
Brdské vřesoviště.
 Bezlesí na bývalé dopadové ploše Jordán. Foto: Bohumil Fišer
 Suťový les v PR Na skalách. Foto: Bohumil Fišer
Suťový les v PR Na skalách.
 Mrtvé dřevo v suťovém lese na Kloboučku. Foto: Běla Komancová
PR Chynínské buky.
 Přírodě blízký les v PR Chynínské buky. Foto: Běla Komancová

II. zóna - místně významné ekosystémy a přírodní hodnoty, může být s vlivem člověka, harmonická krajina. Do II. zóny jsou zařazeny lesní porosty s vyšším podílem původních dřevin a s pestřejší druhovou, prostorovou a věkovou skladbou. Převážně to jsou lesy s větším zastoupením buku či jedle, olše lepkavé, ale také podmáčené a rašelinné smrčiny. Patří sem i ty části lesa, kde se na větší ploše vyskytuje přirozené zmlazení či podsadby buku a jedle ve smrkových porostech. 
Ochrana: Hospodářsky citlivě využívané lesy a jiné plochy, redukce cest 

Hospodářský les s přirozeným zmlazením.
 Hospodářský les s přirozeným zmlazením. Foto: Hana Mayerová

III. zóna - pozměněné a využívané ekosystémy. Ve III. zóně jsou zařazeny běžné kulturní hospodářské porosty s převahou smrku, případně modřínu a borovice lesní. 
Ochrana: Využití území podle principů trvalé udržitelnosti 

Běžný hospodářský les.
 Běžný hospodářský les. Foto: Hana Mayerová

IV. zóna - zcela přeměněné plochy, zástavba, silnice. Do IV. zóny je zařazeno sídlo Míšov a Teslíny. 
Ochrana: Využití území podle principů trvalé udržitelnosti, ochrana krajinného rázu

Zastavěná krajina.
 Zastavěná krajina v Míšově. Foto: Běla Komancová