CHKO Brdy je pokryta největším souvislým lesem v českém vnitrozemí. Odpradávna tyto lesy budily zájem, ale také respekt. Temné brdské hvozdy však vypadaly jinak než dnes. Rostly v nich jiné stromy, jiné byliny. Dnešní les je výsledkem přibližně dvouset let lesnického hospodaření, při němž lesníci postupně nahrazovali původní druhy dřevin především rychle rostoucím smrkem. Většinu plochy chráněné krajinné oblasti tedy dnes pokrývá více či méně obhospodařovaný smrkový les. 

Cílem Agentury ochrany přírody a rajiny, Správy CHKO Brdy je tyto porosty postupně přibližovat přirozenému druhovému složení, dostat do brdských lesů více listnáčů a jedlí a zároveň změnit způsob hospodaření. Ve zbytcích starých smíšených a listnatých porostů (především bučin) je vhodné podporovat přirozené zmlazování, tím že v lese ponecháme statné stromy plodící zdravá semena. Do vzrostlého porostu podsadíme sazenice dalších dřevin, které pod ochranou okolních korun vyrostou v silnější a zdravější jedince. Dorostlé stromy těžit výběrově. V lese tak mohou místo velkých pasek vznikat jen drobné světliny. Taková těžba nemusí být v lese na první pohled vůbec patrná. 

Mladé stromky často nepřežijí okusování lesní zvěří, nové výsadby i přirozený porost semenáčků je proto potřeba chránit. Na plochách chráněných plotem pak odrůstají i semenáčky méně častých druhů dřevin do zdejších lesů patřících, např. jilm nebo lípa.

 Sazenice buku, foto: Bohumil Fišer
Sazenice buku.
 Plot chrání sazenice před okusem lesní zvěří, foto: Bohumil Fišer

Na extrémně špatně přístupných místech jako jsou třeba skály či kamenná moře roste les téměř bez lidských zásahů. Takové lesy jsou v současné krajině opravdu vzácné, proto jsou zařazeny v databance přirozených lesů ČR.

Mrtvé dřevo v lese.
 Mrtvé dřevo v PP Třemešný vrch, foto: Běla Komancová