Vyhláška MŽP č. 304/2011 Sb., o vymezení zón ochrany přírody CHKO Český les byla vydána 30. září 2011 a k bližšímu určení způsobu ochrany jsou podle ní vymezeny 4 zóny odstupňované ochrany přírody.  Schválená zonace CHKO Český les z roku 2011 vyhovuje potřebám ochrany přírody a dobře diferencuje území v souladu s limity danými zákonem o ochraně přírody a krajiny.Lokality I. zóny v lese se nachází především v domažlické části CHKO, kde tvoří i plošně větší celky. V tachovské části CHKO jsou lokality I. zóny omezeny na vyhlášená MZCHÚ. Část z nich tvoří rašeliniště vrchovištního typu s charakteristickými společenstvy rostlin a živočichů a vzácně s porosty borovice blatky. Vymezení I. zóny na nelesních pozemcích představuje nejhodnotnější plochy, které jsou s výjimkou nejcennějších částí EVL Niva Nemanického potoka již chráněny formou maloplošných zvláště chráněných území.

Převážně se ve II. zóně vyskytují lesní porosty s větším zastoupením buku. V několika lokalitách jsou zařazeny rašelinné smrčiny a porosty s vyšším zastoupením olše na podmáčených stanovištích. Často tyto lokality navazují na I. zónu. Řada lokalit slouží k rozmnožování obojživelníků. Vesměs se jedná o extenzivně obhospodařované nebo zcela neobhospodařované pozemky.

III. zóna zahrnuje většinu území CHKO (celkem 79,5% rozlohy CHKO) a je tvořena lesními i nelesními ekosystémy a menšími sídly. V lesích převažují rozsáhlé plochy smrkových porostů charakteru monokultur. Většina lesů je zařazena do kategorie lesa hospodářského. Do III. zóny jsou dále zařazeny travní porosty vhodné k extenzivnímu hospodaření. V nižších polohách jsou to i plochy s intenzivním hospodařením a s minimálním podílem orné půdy.

IV. zóna je vylišena jen v sídlech a tvoří ji jen 5 segmentů (Obora, Branka, Železná, Rybník, Nemanice). Celkem tvoří 0,3% rozlohy CHKO.

  rozloha (ha) rozloha (% z CHKO)
zóna I. ​​​​​​​1748,1 3,75
zóna II. 7643,6 16,42
zóna III. 37002,4 79,48
zóna IV. ​​​​​​​160,7 0,35
celkem 46554,8 100,00