Oblast akvakultury vychází z evropského nařízení č. 708/2007 o používání cizích a místně se nevyskytujících druhů v akvakultuře. Zde jsou uvedeny definice pojmů, výjimky a procesní postupy. Akvakultura je v ČR zastoupena zejména rybníkářstvím nebo dalšími typy hospodářského chovu ryb. Z procesních postupů v této oblasti jsou vyňata uzavřená zařízení akvakultury, chovy okrasných vodních živočichů a rostlin v obchodech se zvířaty, v zájmovém chovu, v zahradních centrech izolovaných zahradních jezírcích nebo akváriích splňující unijní předpisy. Výjimku mají rovněž druhy z přílohy IV. nařízení č. 708/2007, které jsou uvedeny níže. Bližší informace k problematice akvakultury se nachází v záložce Legislativa. 

amur bílý (Ctenopharyntgodon idella)
candát obecný (Sander lucioperca)
jeseter hladký (Acipenser nudiventris)
jeseter hvězdnatý (A. stellatus)
jeseter malý (A. ruthenus)
jeseter ruský (A. gueldenstaetii)
jeseter sibiřský (A. baeri)
jeseter velký (A. sturio)
kapr obecný (Cyprinus carpio)
karas stříbřitý (Carassius auratus)
keříčkovec červenolemý (Clarias gariepinus)
okounek pstruhový (Micropterus salmoides)
pstruh duhový (Oncorhynchus mykiss)
síh peleď (Coregonus peled)
siven alpský (Salvelinus alpinus)
siven americký (S. fontinalis)
siven obrovský (S. namaycush)
sumec velký (Silurus glanis)
sumeček skvrnitý (Ictalurus punctatus)
tapeska filipínská (Ruditapes philippinarum)
tolstolobec pestrý (Aristichthys nobilis)
tolstolobik bílý (Hypophthalmitchthys molitrix)
ústřice obrovská (Crassostrea gigas)
vyza velká (Huso huso)