Chráněná krajinná oblast Blaník je bohatá především na nejrůznější vodní a mokřadní rostlinná společenstva, nacházející se v rybnících a jejich okrajích, v potocích, na vlhkých lesních cestách a na podmáčených loukách.

  Prstnatec májový

Hojně zastoupená jsou zde společenstva rákosin a vysokých ostřic, ve kterých se ojediněle vyskytuje silně ohrožená ostřice plstnatoplodá, častěji pak zde lze spatřit kvetoucí vachtu trojlistou.

Území je bohaté na prameniště. Na plochách trvale dosycovaných podzemní vodou se vytvářejí společenstva velmi různorodé struktury a floristické skladby, většinou bohatá na mechorosty.

V rašelinných lučních společenstvech nacházíme charakteristické druhy jako je např. ostřice šedavá, ostřice obecná, starček obecný, ptačinec bahenní, violka bahenní, vachta trojlistá, prstnatec májový, suchopýr úzkolistý, vzácněji se zde vyskytují i všivec bahenní tolije bahenní, druhy silně ohrožené podle Červeného seznamu cévnatých rostlin ČR.

Objevují se tu i rašeliniště v pokročilých stádiích s výskyty atraktivních druhů, jako je např. rosnatka okrouhlolistá suchopýr širolistý, silně ohrožený podle Červené knihy. Na podmáčených místech v nivě Blanice vzácně nalézáme bazanovec kytkokvětý.

Vývojově mladá společenstva nacházíme na loukách a pastvinách. Vyvinuty jsou zejména dvojsečné ovsíkové louky, v údolních luzích pak vlhké pcháčové louky a tužebníková lada a v polohách se střídavou vlhkostí, na nehnojených plochách se vytvářejí charakteristická společenstva smilkových trávníků.

Na mělkých silikátových skalních podkladech se často vyskytují acidofilní suché trávníky. Na hlubších skeletovitých půdách jižní expozice se objevují úzkolisté suché trávníky, ve kterých vzácně roste vstavač kukačka, silně ohrožený podle Červené knihy. Vzácně se v chráněné krajinné oblasti vyvinula společenstva skalních štěrbin a pohyblivých sutí.

Na některých výslunných lokalitách lze nalézt dobré ukázky slabě subxerofilních či slabě hygrofilních dubohabrových a dubolipových hájů s pestrým bylinným patrem. Vzácně se setkáváme s roklinovými suťovými lesy s atraktivními bylinami, jako např. lilie zlatohlávek, žindava evropskáudatna lesní. Nejrozšířenějším lesním pokryvem byly doubravy. Na dubohabřiny navazovaly ve vyšších polohách bučiny, které se ve výborných ukázkách dosud zachovaly na velkých plochách na vrcholech obou Blaníků a na Slepičí skále.