Netopýři - Jeseníky
Významnou skupinou savců jsou pro Jeseníky netopýři. Již od středověku probíhala v CHKO Jeseníky rozsáhlá těžba, po které zbylo velké množství podzemních prostor umožňujících zimování netopýrů. V současnosti jsou Jeseníky se svým okolím nejvýznamnějším zimovištěm mimo krasové oblasti.
Zimní a letní kolonie
Nejvýznamnější zimoviště se nacházejí v NPP Javorový vrch a v PR Franz-Franz, obě místa jsou chráněny také jako evropsky významné lokality. Nejpočetněji zimujícím druhem je vrápenec malý. Spolu s vrápencem malým využívá k zimování teplejší podzemní prostory netopýr velký a netopýr brvitý. Samice těchto druhů tvoří početné letní kolonie v půdních prostorách staveb zejména mimo oblast CHKO, v CHKO se s jejich letními koloniemi lze setkat např. na hradě Kolštejn v Branné, kde je vyhlášena evropsky významná lokalita Branná-hrad.
Další druhy netopýrů využívají k zimování podzemní prostory důlních děl, ale v létě využívají spíše úkryty na dřevinách, jedná se pravidelně např. o netopýra černého, netopýra vodního, netopýra vousatého, netopýra Brandtova, netopýra řasnatého, netopýra velkouchého, netopýra ušatého či netopýra severního. Pro všechny tyto druhy je nutné zachovat charakter podzemních prostor a zabránit přístupu nepovolaných osob do podzemí.
Další druhy využívají podzemní prostory jen ojediněle a jsou vázány spíše na úkryty ve dřevinách či ve vnějších částech budov. Jde např. o netopýra rezavého, netopýra pestrého či netopýry rodu Pippistrellus.
Monitoring netopýrů
Správa CHKO se podílí na sčítání netopýřích zimovišť. Na kěterých místech se datuje již od 70. let 20. století.
