Třeboňsko je největším souvislým areálem půd ovlivněných vodním prostředím (semihydromorfních a hydromorfních) v Čechách. Rozšířené jsou pseudogleje a gleje. Organogenní (zejména rašelinné) půdy jsou zde z celých Čech nejpočetnější a vytvářejí plošně největší souvislé celky.
Vedle severočeské pískovcové oblasti je Třeboňsko druhým nejvýznamnějším územím s častým zastoupením hnědých půd (kambizem) v relativně nízké nadmořské výšce. Pro území jsou typické extrémně lehké půdy na písčitém podloží. Vzhledem k charakteru geologického podloží bylo Třeboňsko původně chudé na živiny (oligotrofní). Celá oblast byla dosycována živinami ze zemědělské a rybářské činnosti až v posledních desetiletích, kdy dochází k postupné plošné eutrofizaci (zvyšování obsahu živin - dusíku a fosforu) původně chudých půd a vod. Nízká přirozená úrodnost písečných, jílovitých a rašelinných půd nepříliš vhodných pro zemědělské využití je důvod, proč na Třeboňsku zůstaly až do dnešní doby zachovány v relativně nízké nadmořské výšce rozsáhlé souvislé lesní celky i rybniční soustavy.
