Jak těžba surovin ovlivňuje přírodu Třeboňska závisí především na  jejím rozsahu a  intenzitě. Například tradiční těžba rašeliny borkováním umožňovala přežívání vzácných typů společenstev, např.  světlomilných druhů, které hojně rostly v  rašelinných mokřadech v  poledových dobách před  zapojením lesa. Zcela opačný efekt má velkovýrobní těžba rašeliny, dochází k  výraznému zhoršení vodní bilance a  znehodnocení rozsáhlého území. Proto je průmyslová těžba rašeliny v  současnosti utlumována. Využití rašeliny jako přírodního léčivého zdroje pro  místní lázeňství (Třeboň) je neomezeno, těžba pro tento účel je velmi malá a  navíc rašelina může být po  použití regenerována.  Jak těžba surovin ovlivňuje přírodu Třeboňska závisí především na  jejím rozsahu a  intenzitě. Například tradiční těžba rašeliny borkováním umožňovala přežívání vzácných typů společenstev, např.  světlomilných druhů, které hojně rostly v  rašelinných mokřadech v  poledových dobách před  zapojením lesa. Zcela opačný efekt má velkovýrobní těžba rašeliny, dochází k  výraznému zhoršení vodní bilance a  znehodnocení rozsáhlého území. Proto je průmyslová těžba rašeliny v  současnosti utlumována. Využití rašeliny jako přírodního léčivého zdroje pro  místní lázeňství (Třeboň) je neomezeno, těžba pro tento účel je velmi malá a  navíc rašelina může být po  použití regenerována.  Jak těžba surovin ovlivňuje přírodu Třeboňska závisí především na  jejím rozsahu a  intenzitě. Například tradiční těžba rašeliny borkováním umožňovala přežívání vzácných typů společenstev, např.  světlomilných druhů, které hojně rostly v  rašelinných mokřadech v  poledových dobách před  zapojením lesa. Zcela opačný efekt má velkovýrobní těžba rašeliny, dochází k  výraznému zhoršení vodní bilance a  znehodnocení rozsáhlého území. Proto je průmyslová těžba rašeliny v  současnosti utlumována. Využití rašeliny jako přírodního léčivého zdroje pro  místní lázeňství (Třeboň) je neomezeno, těžba pro  tento účel je velmi malá a  navíc rašelina může být po  použití regenerována.  
Také těžba písku měla zcela obdobným způsobem svůj příznivý i  nepříznivý vliv. Zachované malé pískovníčky s  tůněmi se často staly samovolně velmi zajímavými biotopy.  S velkýmí těžebnami je to  poněkud složitejší. V  době vrcholu těžby štěrkopísků v  80.  letech (výstavba jaderné elektrárny Temelín a  panelových sídlišť), byla z  krajiny doslova vymazána řada přírodních detailů a  způsob rekultivací vytěžených jam spíše pokračoval v  degradaci území. Při  těžbě "na  sucho" rekultivace směřovala obvykle k  původním kulturám (les, orná půda). Na  většině míst ovšem vznikla hluboká bezodtoká jezera. Ta  sice velmi rychle díky regenerační schopnosti krajiny získávají přírodní charakter, ale znamenají zvýšené riziko pro  ochranu kvality podzemních vod. Také divoká rekreace v  jejich okolí přínáší řadu negativ (znečištění, hluk, odpady, dopravní problémy…). V  posledních letech se státní ochraně přírody naštěstí daří ve  spolupráci s  těžaři prosazovat přírodě bližší způsoby rekultivace vytěžených pískoven i  rašelinišť.  Využívá se  přirozená sukcese, cíleně se  vytváří náhradní stanoviště pro  ohrožené druhy flóry a  fauny, zvyšuje se pestrost prostředí. Těžba poklesla na  přijatelné hodnoty a  představuje zhruba 30% dřívějších maxim. Původní záměry na  těžby v  nejcennějších částech Třeboňska byly zrušeny.  Západní část území je od  r. 1982 součástí Chráněné oblasti přirozené akumulace vod (CHOPAV) Třeboňská pánev vyhlášené za  účelem ochrany bohatství podzemních vod. Tzv.  Horusická linie je v  současnosti místem nejvýznamnějších odběrů podzemních vod.  Její infiltrační zóny jsou chráněny vyhlášením pásem hygienické ochrany. Vodárenské využití existuje nebo  je plánováno rovněž u  několika jezer po  těžbě štěrkopísku.