Obecnou ochranu druhů upravuje zejména druhá část zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny. Chráněny jsou všechny druhy před zničením, poškozováním, sběrem či odchytem, který vede nebo by mohl vést k jejich ohrožení, zániku populace druhů nebo zničení ekosystému, jehož jsou součástí. 

Fyzickým a právnickým osobám ukládá povinnost při provádění zemědělských, lesnických a stavebních pracích, při terénních úpravách, v hornictví, vodním hospodářství, v dopravě a energetice postupovat tak, aby nedocházelo ke zbytečnému úhynu rostlin a zraňování nebo úhynu živočichů nebo ničení jejich biotopů, včetně narušení migračních tras živočichů, kterému lze zabránit technicky i ekonomicky dostupnými prostředky. 

Důležitou součástí obecné ochrany druhů je také omezení záměrného rozšiřování geograficky nepůvodních druhů a kříženců do naší přírody. Zákon dále stanovuje způsob péče o jedince, které jsou zraněné, nemocné nebo v důsledku jiných okolností neschopné přežít ve volné přírodě a jejich případné předání do záchranné stanice. Upravuje také režim provozování záchranných stanic pro handicapované živočichy.

Káně lesní sedící na větvi.
Káně lesní, foto Václav Bystřický​​​​

 

Obecná ochrana ptáků

Výjimečné postavení, které vychází z evropské legislativy (Směrnice o ptácích), mají v obecné ochraně ptáci. Oproti ostatním skupinám živočichů a rostlin se obecná ochrana ptáků týká každého jedince jakéhokoli ptačího druhu volně žijícího na území států Evropské unie. Je omezen jejich odchyt, držení a usmrcování (s výjimkou lovu podle zákona o myslivosti), úmyslné ničení a odstraňování hnízd, sběr a držení vajec a úmyslné vyrušování zejména v době rozmnožování a odchovu mláďat. Budování nebo rekonstrukce nadzemního vedení vysokého napětí musí zahrnovat ochranné prostředky, které účinně zabrání usmrcování ptáků elektrickým proudem. 
Tuto problematiku řeší některé koncepční metodické dokumenty Agentury ochrany přírody a krajiny: 

Standardy:
Opatření k zabezpečení venkovního elektrického vedení proti zraňování ptáků 
Opatření v rámci prevence kolizí ptáků s transparentními a reflexními materiály (zip)

Metodické pokyny:
Metodickém pokynu MŽP k zajištění ochrany ptáků před úrazy na elektrických vedeních
Metodickém pokynu MŽP k zajištění ochrany ptáků před úrazy na elektrických vedeních v důsledku nárazů do vodičů a zemnících lan 

Ucelený přehled řešení ochrany ptáků na elektrických vedeních je dostupný na těchto webových stránkách v části Zabezpečení elektrického vedení proti úrazům ptáků.

Prostupnost krajiny

Agentura ochrany přírody a krajiny ČR se v oblasti obecné ochrany druhů významně zabývá také problematikou fragmentace krajiny, předcházení úhynu živočichů v důsledku střetu s dopravními prostředky a zajištění migrační prostupnosti krajiny. 

Metodiky: 
Doprava a ochrana fauny v ČR
Ochrana biotopu vybraných zvláště chráněných druhů v územním plánování

Standardy:
Standardy řada E (speciální opatření druhové ochrany) se v této souvislosti týkají např. zřizování a provozu mobilních zábran pro obojživelníky podél komunikací, trvalých opatření k zajištění prostupnosti komunikací pro obojživelníky (nyní probíhá revize) či opatření pro zajištění prostupnosti komunikací pro vydry a další drobné savce. 

Agentura ochrany přírody a krajiny ČR dále poskytuje vrstvu biotopu vybraných zvláště chráněných druhů velkých savců dle vyhlášky 500/2006 Sb., o územně analytických podkladech, územně plánovací dokumentaci a o způsobu evidence územně plánovací činnosti. 

Cesta se stromořadím v paprscích slunce.
Bezlesí na Boru, foto Běla Komancová